1.蛋白本身的特性：蛋白分子量大小、蛋白來源/物種、是否為毒性蛋白，蛋白翻譯后修飾程度、蛋白自身結構的復雜程度

2.宿主的選擇：宿主本身的特性、蛋白表達需求等都影響著蛋白表達

3.蛋白需求量：蛋白應用范圍對應的需求量不同，所以要根據需求量確定表達系統

4.質粒載體的選擇：載體是攜帶外源基因的工具，要根據系統選擇合適的載體才能使蛋白更好的表達

5.融合標簽的選擇：蛋白重組表達過程中采用親和標簽融合表達有兩方面的作用：一方面是為了使蛋白純化過程變得更加容易；另一方面是為了促進某些不溶性蛋白可溶

6.蛋白表達系統的優化：重組蛋白的表達往往不像理論那樣一帆風順，在實際的表達過程中有可能產生各種各樣的問題，因此表達系統的優化很重要。