CHIP-seq，指的是結合位點分析法，作用為研究體內蛋白質與DNA相互作用。染色質免疫共沉淀技術（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也稱結合位點分析法，是研究體內蛋白質與DNA相互作用的有力工具，通常用于轉錄因子結合位點或組蛋白特異性修飾位點的研究。

將ChIP與第二代測序技術相結合的ChIP-Seq技術，能夠高效地在全基因組范圍內檢測與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區段。ChIP-Seq的原理是：首先通過染色質免疫共沉淀技術（ChIP）特異性地富集目的蛋白結合的DNA的片段，并對其進行純化與文庫構建；然后對富集得到的DNA的片段進行高通量測序。研究人員通過將獲得的數百萬條序列標簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區段信息。

ChIP-Seq與傳統的ChIP-chip技術相比具有靈敏度高、靈活性強、分辨率高、不具備其他芯片相關負效應等明顯優勢。

該技術流程主要分為兩部分：實驗數據獲取及生物信息分析。

實驗數據獲取流程：

1.        將蛋白交聯到DNA上。以保證蛋白和DNA能夠結合，找到互作位點。

2.        通過超聲波剪切DNA鏈。

3.        加上附上抗體的磁珠用于免疫沉淀靶蛋白。

4.        接觸蛋白交聯；純化DNA

5.        定量檢測，檢測合格后進行測序文庫構建、 DNA 成簇（Cluster generation）擴增、高通量測序。

生物信息分析流程見下圖：